Si estás usando la opción de tamaño 1x1 (para poner iconos personalizados) tienes varias opciones, dependiendo del launcher que estés utilizando:
-Si usas el launcher por defecto de Samsung, escoge la opción que pone "1x1 SS" en el listado de tamaños de wigdet del desktop visualizer. Te dejará el icono final un poco más pequeño y no quedarán tan pegados.
-Si usas LauncherPro, hay una opción en los ajustes que sirve precisamente para evitar eso que comentas, aún usando la opción "1x1" normal del DV que ocupa toda la cuadrícula con el icono. La tienes en "Preferences/HomeScreen Settings" al final de todo, pone "Auto-fit items". La marcas, reinicias en launcher y listo.
No recuerdo ahora mismo si en otros launchers existe esa opción, pero seguramente en alguno más la haya.
Otra opción, bien sea para iconos o para cosas más grandes tipo "banners" o similar, es rehacer las imágenes que vayas a utilizar, dejando algo de espacio transparente alrededor de toda la imagen.