Bueno, he hecho pruebas, al iniciar la ROM por primera vez con los datos de usuario limpios, se queda a2sd activado con las opciones de apps y private apps on SD, pero no el cache como decía antes
Los programas que he metido han seguido funcionando después de hacer los comandos.
Entonces quedan por hacer, si se quieren, los comandos cachesd, datasd y zipalign. Esto con la ROM recién instalada.
No sé por qué te ha dado ese fallo, ¿los programas cuando los metiste, nada mas instalar la ROM, hiciste los comandos y entonces se fastidiaron los programas? ¿o restauraste una copia?