Siendo Root con Titanium Backup puedes realizar copia de seguridad de todas las aplicaciones instaladas con sus datos y de los datos de sistema.
Aparte de eso, creo que el tema de las aplicaciones también lo puedes sincronizar con la cuenta gmail, al igual que la agenda, el calendario.... luego una vez que instalas la rom, al poner tu cuenta gmail y darle a sincronizar, te instala automáticamente las apps que tenías desde el market. Eso sí, olvidate de los datos y otras configuraciones, que tendrás que volver a poner a mano.
Si quieres actualizar sin perder nada y sin hacer root, la única forma es actualizar por kies.
Te recomiendo que te mires el root de la que tienes ahora, e instales titanium. Y si es que la nueva 2.3.6 que instalas no la quieres tener rooteada, pues para esa versión utiliza doomlord, que tiene herramientas de rooteo y desrooteo y para esa versión funciona perfecto: rooteas con doomlord, instalas titanium, restauras tu copia de seguridad, desrooteas con doomlord.
Si pones una stock oficial, no deberías tener problemas para actualizar después por kies o fota. De hecho, creo que si tienes el móvil rooteado por doomlord no pierdes esa capacidad de actualización.
Espero haber solventado algunas de tus dudas.
Un saludo