A mi me pasaba algo parecido... digamos que era root y había cambiado el SPL pero no me aparecia el Nandroid ni me permitía instalar la ROM. Lo que hago cada vez que quiero instalar una ROM ahora es entrar en el FASTBOOT y desde la terminal ejecutar la primera linea del tutorial de root, la de "fastboot boot boot-new.img".
Si hago esto se reinicia el móvil con el RECOVERY y me aparecen el Nandroid y me deja instalar las ROM. Pruebalo y me cuentas!
