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En principio no deberías perder nada al hacer root, los datos se pierden cuando se hace un "wipe data" o (yo no sabía esto) cuando haces el unlock oficial por lo que dices.
De todas maneras yo lo haría todo y una vez acabado recuperas lo que tenías antes, nunca se sabe... Una vez seas root ya puedes hacer un backup de aplicaciones con el titanium backup o desde el propio recovery un backup total del sistema para que no te vuelva a pasar esto.
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