Si no estoy equivocado, si eres root y le concedes permisos de SU, el programa te instala automáticamente lo que descargues. Si no eres root, te pide la instalación de cada aplicación como cualquier otro .apk que instales desde la SD.
Por lo menos, esa es la diferencia que yo noté cuando me compré la Asus Transformer Prime y aún no la tenía rooteada.