Eso es un tema chungoooo, porque hablas de hacer una ROM tal cual. Lo que si puedes hacer es usar es el sprite back up o el spb back up(este uso yo) para hacer una copia de todo lo que tienes ahora mismo, y asi cuando quieras cargas la copia y lo deja igual que lo tienes ahora. Eso si siempre teniendo la misma rom, hay una opcion que es sobreesribiendo rom pero la vez que lo probe el resultado no fue bueno.
Estos programas y temas estan comentadisimos por el foro, tienes mucha info ya de como funcionan.
Saludos