Syncronizalos con Google y ahí mismo puedes eliminar los duplicados.
Pero primero importa todos los contactos desde la sim.
Copia todos contactos ala sd.
Borra la lista de contactos.
Recupera desde sd con la opcion contactos google.
Entonces una vez sincronizados entras en tu correo gmail, apartado contactos y incluido hay opción unir duplicados (se llama "merge" lo que es unir)