1.- Es como la consola de Windows (CMD) pero para Android, ahí puedes ejecutar los comandos de linux apropiados para hacer cosas que no se puede hacer con las aplicaciones.
2.- NPI
3.- Normal, su función es captura las ejecuciones de las aplicaciones que requiere ser root para su ejecución y preguntarte si quieres que se ejecute (Allow) o denegar su ejecución (Deny), es como un controlador de aplicaciones de root.