Yo uso, con la rom AkuraKepler V2, el programa AndFTPPro y va de lujo. (también tengo mi propio ftp server).
En el peor de los casos, haz una copia de tus aplicaciones con Titanium Backup, cambia la rom, restauras las aplicaciones y prueba la app que te comento (es de pago, pero se puede probar gratis, y si te gusta, no es muy cara
)