Si el titanium es la versión pro, en menú, le das a "lotes" y te salen TODAS las acciones que se pueden realizar, entre ellas la de restaurar TODAS las aplicaciones. Se recomiendda restaurar sólo las apps porque los datos pueden dar fallos al cambiar de Rom; a lo mejor en una Rom determinada iban bien, y con la que acabas de flasear puede que no...
Y si flaseas la Rom desde 0, supongo que tendrás que volver a configurar todo, pero con los correspondientes ajustes, no creo que tengas más problemas a la hora de volver a agruparlos. El proceso suele ser siempre el mismo; loguearte en las cuentas de nuevo, sincronizar y punto pelota.
Taluego!!