Whatsapp: entras en el programa, le das al botón del móvil de opciones (segundo botón por la izquierda), eliges Configuración---->Notificaciones de Mensaje---->Luz. Y ahí eliges el color de la luz para los mensajes de whatsapp.
Facebook: entras en el programa, le das al botón del móvil de opciones , eliges Configuración---->LED del teléfono y lo marcas, y también te aseguras de marcar el menú notificaciones (eligiendo cuales quieres que te sean avisadas).
Hay aplicaciones en las cuales no puedes activar el led, y hay otras en las cuales no podrás elegir color.
El LED no es muy grande, es un puntito de color, haz pruebas para localizarlo. Por defecto viene de color violeta para cosas como llamadas perdidas o sms sin leer.
Ya tienes un hilo con este tema, aquí:
http://www.htcmania.com/showthread.php?p=2725344