Yo es que no me complico la vida, conecto el móvil al pc en modo almacenamiento masivo y formateo directamente desde ahí como si fuera un pendrive (como he dicho soy muy drástico)
En cuanto a la sd externa las carpetas que crea son todas las que no hayas creado tú (obvio). Si no recuerdo mal las que ponen "android", "lost dir", "data", etc...