Yo llevo dos semanas con el móvil encriptado y no he tenido ningún problema en el día a día (Galaxy Nexus). Pero el problema viene cuando quiero instalar algo desde el recovery (como una actualizacion de la rom o un script), el recovery no puede acceder a la memoria para cargar un zip!!!!
Esto es porque no pide el código de desbloqueo al entrar al recovery, por lo tanto no se puede hacer NADA desde el mismo. Además no deja opción (al menos no la he visto), para elegir si encriptar la memoria del sistema o la "SD".
Un saludo.