Muchas gracias por las respuestas, el tema del backup completo no lo quería contemplar ya que me vendría bien para hacer un poco de limpieza general en mi teléfono

El tema SMS lo solucionaré con SMSBackup pero me salta una ultima duda:
¿Si me resetean todo de fabrica (el teléfono) y yo hago lo mismo con la SD, es decir, limpiarla al completo, cuando me devuelvan el móvil y le meta la SD sin nada, se crearan automáticamente las carpetas del sistema y todo eso?
Muchas gracias.