Mkv es solo un contenedor. Dentro puede haber "cualquier cosa".
La transformer original no puede con los bitrates mas altos.
De todas formas no se para qué quieres tanta calidad en uana pantallita de 10 pulgadas y una resolución normalita de 1280x800. Y si es para conectarla a una tele y verlo ahí te estás equivocando mucho de sistema.