El desrooteo se elimina instalando de nuevo la ROM 2.3.5 o incluso la 2.3.3. Como son instalaciones completas, eliminan todo el contenido del móvil, incluso el rooteo. Por eso, si tenías las 2.3.3 y pasaste a la 2.3.5, tuviste que rootear el móvil de nuevo (perdiste el de la versión anterior). Es el paso más sencillo.
Al ser root, efectivamente puedes eliminarle algunas cosas que vienen en la ROM de Yoigo, si no las usas y si no dañan el sistema. Lo que pasa es que hay que tener bastante cuidado de no eliminar ninguna que sea esencial para que el móvil funcione. De la lista que incluyes, por ejemplo, algunas no son convenientes eliminarlas (por ejemplo el market updater, o perderías la posibilidad de bajarte aplicaciones del market de android, o la administracion de descargas, que son procesos internos).
Mi consejo es que sólo elimines aquello que realmente te estorbe y dejes el resto. Por ejemplo, yo eliminé el navegador que viene de serie, la aplicación Reloj de Tiempo (que no uso) y el google maps que tampoco uso. Pero esto ya es a gusto del consumidor.
Siendo root, la mejor manera para eliminar cosas es que instales la aplicación Titanium Backup y usando alguno de los tutoriales que hay en google o en este foro, desinstales aquello que te sobra.
De todos modos, si metes la pata con algo y el móvil comienza a ir mal, siempre puedes reinstalar de nuevo la ROM 2.3.5 y tener más cuidado con lo que borras.
Saludos.