Cómo te has hecho root??
Yo siempre lo he hecho flasheando un kernel cf-root, que te instala la aplicación CWM y Superuser... Es ésta última la que creo que controla que aplicaciones tienen acceso root o no, por lo que si no la tienes tendrás que buscarla en el market para instalartela. Luego abres la aplicación wifikill y te pedirá permisos de superusuario, le dices que sí y ya te debería funcionar...