Hola,
pueden ser tantas cosas que el unico que podria saber con exactitud a que se debe eres tu mismo,
aqui algunas cosas que pueden causar errores:
1-No tener la partición EXT funcionando correctamente.
2-Quitar o cambiar la tarjeta SD.
3-Flashear updates (ejem.para cambiar icono bateria) que no hayan sido creados exclusivamente para esta rom.
4-No reiniciar el movil al menos una vez al dia.
5-Eliminar apps con Rommanager sin saber exactamente que eliminamos.
...etc...etc 
