Has probado reproducir varias canciones de ese tipo y volver a comprobar si aparecen las carátulas? Yo tuve un problema parecido después de asignar una carátula una por una a mis canciones. Por lo visto no se actualizaban hasta reproducirlas por primera vez. Ah, y me tuve que olvidar de las carátulas que asignaban iTune o WMA, estos programas no incluían la carátula en el tag, id3 o como le quieran llamar.