a mi me ha pasado también, lo que debes hacer es después de pegar el archivo .nomedia es ir a aplicaciones - galería y borrar los datos, así te volverá a cargar las imagines y obviará las carpetas con el archivo.
prueba con eso a ver si te funciona, a mi también me dio problemas con las carátulas de los discos que tuve que cambiarlas de nombre para que no se vieran