Actualmente poseedor de un Galaxy S y he tocado el HTC Desire (primo-hermano del Nexus One) y te recomiendo el Galaxy por el simple hecho de la memoria interna es mucho mayor, te ahorraras problemas de almacenamiento y tal. Se que no es un echo tan importante pero en lo demás esta parejo (a mi parecer).
El soporte del Galaxy S es increible con su enorme comunidad htcmania, xda, miui,... y muchas otras mas. El otro tiene a la todopoderosa Google (aunque no tendrá ICS oficial), por lo que si quieres tener la última versión tendrás que recurrir a las ROM como el Galaxy.
El diseño... a mi gusto es mas bonito el nexus, materiales mejores.
Y el resto, depende de ti.
Un saludo