Vete a Contactos, en Menú, dependiendo de la ROM, debería haber algo como "Ver", o de dónde mostrar los contactos: Google, Teléfono, SIM, Facebook, Twitter. Selecciona sólo uno de ellos (si sueles sincronizar con Google, selecciona Google, si eres de los que los tiene guardados en la memoria del teléfono selecciona Teléfono; pero no selecciones Facebook o Twitter, claro).

Después, selecciona la opción de "Ver sólo contactos con número de teléfono" (en la agenda, Menú - Ajustes)ya que en Google se guardan tambiñen los contactos de email, y te van a aparecer millones...

Vuelve a Whatsapp, ve a la pantalla de contactos (pulsando el lápiz de la esquina superior derecha), pulsa tecla Menú y Actualiza contactos

Salen duplicados porque por defecto el teléfono muchas veces muestra los contactos del teléfono y los de Google a la vez, y suelen ser los mismos (sobre todo si los del teléfono los tienes sincronizados con Google previamente, a mi me pasó). Lo más fácil es que importes todos a uno u otro sitio (o todos en Google o todos en el teléfono) y así no te vuelva a pasar. Mi recomendación... claramente importa a Google.

Doy por hecho que estás en una ROM Stock (la que te viene de fábrica), aunque en una modificada debería ser parecido.

Espero haberte ayudado! Si necesitas algo más, DILO