Son temas diferentes. El Titanium (o aplicación similar) te guarda las aplicaciones junto con los datos de usuario, pero si te quedas sin rom de poco te sirve el backup hecho con este programa, puesto que tendrás que reinstalar el sistema operativo de nuevo antes de restaurar las apps.
El nandroid es un backup pero de todo el móvil: sistema + modem + kernel + apps + datos. Si tienes un brickeo o al instalar una rom algo sale mal, accedes a tu copia y restauras todo. Si el proceso sale bien, el móvil vuelve a estar tal y como se encontraba antes.
Por ello es recomendable hacer nandroid antes de cualquier operación "de riesgo", porque te dejas abierta la opción de volver atrás.
Te preguntarás entonces, "si el nandroid también backupea (perdón por el neologismo) las aplicaciones, ¿puedo pasar del Titanium?". La respuesta es no, ya que cuando hacemos uso del nandroid se restaurará la totalidad del sistema anterior y no podemos elegir esta aplicación sí o esta no. Es decir, si haces nandroid de una rom 1.2, luego instalas la 1.3 y para recuperar tus apps tiras del nandroid realizado, al terminar el proceso tendrás de nuevo las apps pero con la rom 1.2.
Tómalo de este modo: antes de cambiar de rom (por ejemplo), actualizas tu backup con Titanium y después (siempre en este orden) un nandroid desde CWM o recovery. Una vez metas la nueva rom y veas que la cosa está bien restauras todas las aplicaciones con sus datos desde Titanium y a funcionar. El nandroid sólo por si el proceso se corrompe antes de terminarlo.
La mayoría de los que saben de esto recomiendan restaurar sólo apps + sus datos, pero no los datos de sistema, ya que estos pueden solaparse con los de la nueva rom que acabamos de instalar, dando lugar a posibles errores o incompatibilidades.
Si he errado en algo, corregidme, por favor. Que soy casi perfecto, pero no perfecto del todo
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Saludos.