Es normal macho... Seguro que has instalado una rom con a2sd activo (o lo has activado).
De tal manera que todas las apps se han movido a la particion EXT de la tarjeta SD.
El Script de carga suele lanzarse al iniciar el movil...
Asi que apaga mete la SD y enciendelo con ella puesta, si no va, bajate "a2sd gui" y fijate si esta marcado el "a2sd" como activo.
Tambien puedes usar "Link2SD" envez de "a2sd gui" para montar la particion EXT.