El root en linux es el "superadministrador" que tiene acceso a todos los archivos,procesos... En cualquier distro de linux un usuario root tiene unos privilegios que un usuario normal no tiene,mas que nada para que no se toque lo que no se debe y se vaya todo el sistema "a tomar viento" borrando,modificando o moviendo algun archivo.
En Android han cortado el acceso root(por ahora) y eso impide por ejemplo que modifiquemos algun archivo del sistema impidiendo acceder a ellos.Tiene ventajas para que los "manazas" no se carguen nada pero tambien incomvenientes como la imposibilidad de cambiar el tema del escritorio,hacer overclocking,hacer un screenshot....