El md5 es unsistema para comprobar que un archivo es igual a otro original a través de unos algoritmos. De esa forma te aseguras que el archivo que tienes en tu ordenador es exactamente igual al original y que no se ha corrompido o cambiado en nada.
Normalmente junto al enlace de descarga de la ROM te pone el código md5.
Una vez bajas el zip, lo compruebas en tu ordenador con cualquier programa para comprobar los códigos md5 (te adjunto uno) y así sabes si el archivo que has descargado está correcto al 100%
Un saludo.