Yo corriendo solo tengo problemas cuando utilizo la aplicación nativa de música, con los demás me posiciona bien y durante todo el recorrido.
yo ahora mismo utilizo MIUI Music, y sport tracker (
http://www.sports-tracker.com ), aunque antes utilizaba Endomondo y utilice también el de Adidas. Con los tres la única solución fue no utilizar el reproductor nativo.
MIUI Music:
http://www.multiupload.com/90JL7KJL7F
Saludos.