Hola @jujomallo, prueba lo siguiente:
En el zip del theme, lo abres y vas a la ruta XTRAS/system/app y extrae esas apk que hay y luego eliminalas del zip. Flashea nuevamente el theme sin estas apk, haber si el conflicto es por esto. Por todo lo demás es practicamente imposible que dea fc, ya que son todo png como bien dice roi. En caso de que así no tengas problemas, instala por separado las app que estaban en XTRAS/system/app una por una(instala una 1º, reinicia para saber si da fc, que no, instalas otra y reinicias....). Si no te deja instalar alguna, por algún motivo, prueba a desinstalarla primero si es que ya la tienías instalada.
Un saludo.