Buenas creo que te está pasando como me pasaba ami cuando reinicias pierdes el root? si es asi por eso t desaparecen las aplis por que al no tener el root no puede montar la particion,mi solucion fue olvidarme del parche para la particiones y utilizar link2sd por ahor aningun problema. Espero que no sea tarde mi respuesta.
Si instalaste el parche tendras que volver hacerlo todo de nuevo, te recomiendo que hagas las particiones con el recovery, recuerda que perderas todo si haces de nuevo las particiones asi si kieres olvidarte de instalar bakup titanium y cuando instales todo de nuevo cargar el bakup de las aplis
