Si te refieres a actualizar a la versión 2.3.5 de Yoigo, no es imprescindible formatear la tarjeta microSD para crear la carpeta donde meter la actualización, pero si has hecho copia de cosas que tengas ahí y no te importa perder esos datos, adelante. La memoria del teléfono la formatea la actualización pues en realidad es una instalación de un sistema operativo completo.
Asegúrate de tener copia de seguridad de los contactos, o los perderás. Por ejemplo, siempre se recomienda tener los contactos en la lista de contactos de gmail, no en la memoria del teléfono, de tal modo que el teléfono sincroniza con esa lista y en segundos tienes de nuevo tus contactos en el móvil.