hablo todavia desde la ignorancia hasta que me pase el 1er cd del ffIX pero deberia ser exactamente igual que en la play.
al final del cd siempre te deja grabar en el memory card, esa partida la puedes cargar desde el siguiente, y tambien hay una opcion de "abrir bandeja" eso te deja cambiar de cd sin reiniciar el emulador. Deberia funcionar perfectamente.
mas que nada por el engorro de cambiar de memory cards y ademas que no es agradable usar la partida de otro desde ese punto