El bootloader tiene dos partes, el bootloader en sí, que es esa pantalla, que es desde la que se pueden cargar imagenes (archivos de nombre pd98img.zip) y el fastboot, que es el que te da la opción de resetear, etc... Tendrías que pulsar en fastoboot y luego en la opción de reboot.
Si cargas rom oficial o stock (son sinónimos, son las roms tal cual las suelta el fabricante o la operadora), pierdes el root y puede que incluso el s-off, supercid y unlock. Hay roms que son idénticas a las oficiales, pero prerooteadas. Son cocinadas, pero muuuy poco.
Cualquier rom cocinada, puedes instalarla sin miedo, y yo lo aconsejo.
Espero haberte solucionado las dudas... cualquier cosa, me dices.