Bueno chicos ya lo he arreglado:
He descargado la ultima versión de MiniTool Partition Wizard y he cambiado de lector.
Esto último no creo que fuera la solución debido a que inicialmente estaba usando el móvil. Y para otras cosas no había tenido problema.
Ya las particiones funcionan correctamente, ahora meteré la SD en el móvil a ver qué pasa.