A ver, a mí desde la aplicación contactos me funciona bien. Desde la aplicación de llamadas en la pestaña contactos también. Y en la aplicación de llamadas en la pestaña historial de llamadas lo que pasa es que cuando le doy a whatsapp, si el usuario tiene whatsapp lo abre y si no lo tiene me abre un sms en el que pone el típico estándar de whatsapp diciendo: "hola! prueba whatsapp y tal.."
Llevo la rom oficial sin flashear ni nada de nada.