Whatsapp va a estar siempre conectado a internet, y aunque lo mates volverá a iniciarse, aunque no consume mucho, pero si te hablan pues recibes datos y gastas algo.
En cuanto a actualizaciones del market, ve a ajustes de market y pon las opciones que mejor te vengan (quita "actualizar automaticamente", pon "actualizar sólo por wifi" ..).
También puedes bloquear el acceso a internet de algunas aplicaciones, o juegos, para que no te metan publicidad y no gasten. Puedes hacerlo con Droidwall, poniendo que sólo se conecten desde wifi, por ejemplo, o administrando los permisos de la aplicación (si tienes una rom Cyanogenmod, pero cuidado con los permisos que tocas que puede dejar de funcionar la app y tendrás que volver a permitir), o con alguna aplicación que pueda realizarlo.
Espero que te sirva.