Eso es debido a los metadatos que se graban en la imágen al ser tomada, especificado por el protocolo
EXIF . Es lo que guarda que cámara tomó la foto, la fecha,la resolución, la apertura, la exposición, la geolocalización...etc.
Al tomar la foto hay dos ejes, el X y el Y, sin embargo la galería de imágenes muestra la foto tal como se tomó, si giras la cámara el eje X e Y gira 90º y es lo que queda grabado en la foto, aunque tu la veas bien en el móvil, en realidad estás girando la cámara, por eso al subirla se toman los ejes tal y como pone en la información de la foto. Parece ser que los programas que modifican la foto en los servidores de Facebook hacen lo que les viene en gana. Porque en realidad la foto es procesada por ellos antes de mostrarla en la web, y hacen más que redimensionarla, todos esos datos se los pillas para ellos y saber que móvil tienes, dónde tomas la foto, que hora era...
Cualquier programa de PC permite girar la imágen y si queréis ver con el móvil todos los datos que se graban en las fotos, el programa del market Photo Tools tiene un lector de datos Exif