Sí para sobreescribir los ficheros es necesario ser root. De todas formas para cambiar la ROM también tienes que ser root. No estoy seguro, pero yo te diría que si instalas una ROM oficial no hay problemas con las actualizaciones (independientemente de que esté rooeada). En cambio, cuando instalas una ROM cocinada, no oficial, suelen venir deshabilitadas, supongo que para evitar posibles incompatibilidades que puedan surgir con las actualizaciones futuras.