Algunas carpetas no tiene permisos de acceso o de lectura/escritura. Son carpetas internas que están protegidas. Siendo root puedes instalar alguna aplicación que permite explorar esos archivos pero es delicado. Una operación equivocada y se puede liar.
Al borrar una aplicación desde el gestor de aplicaciones tienes que asegurarte primero de darle a borrar datos y luego borrar aplicación. Así evitas en la mayoría de los casos que te queden cosas raras.
Los ficheros que se crean en la SD con datos extra y demás no suelen borrarse y hay que eliminarlos manualmente con un explorador de archivos cualquiera.
