Claro hay 2 formas:
-Mira puedes meter la rom y dejar intactas tus apps que hayas descargado.
-Tambien puedes hacerlo de la forma en que te limpie todo y quede la rom en tu telefono desde cero,si lo ke kieres es limpiar todo te recomiendo que primero flashees con el flashtool y marques la casilla "wipe data user" como en la imagen (si quieres conservar tus apps solo dejala desmarcada) :
-Despúes le das formato a la sd en Ajustes/confg de almacenamiento y borrar SD o desde tu PC ahi ya es como quieras.
-Y listo Xperia limpiecito y con FW actualizado

saludos espero te haiga ayudado!
Saludos!

