Eso depende de tí, no hace falta que desinstales nada, simplemente con titanium pro vas congelando aplicaciones...si te da algun error.....la descongelas esa apk....es lo más facil.
Otra forma de hacerlo es con root explorer/system/app/ vas quitando aplicaciones...pero eso si, las guardas antes por si tuvieras algún problema.
La primera opción es la más comoda.