A ver yo solo lo he utilizado 1 vez:
Abres el Odin Pro
Lo puedes hacer haciendolo 1 a 1 en cada apartado, no te dejará poner un kernel en un Modem para que lo sepas.
Los archivos válidos te apareceran arriba del todo, Seleccionas solo 3 archivos
Multi CSC
Modem
Code (es el tar o md5 mas pesado, digamos la rom en si)
Si la rom en cuestión tiene el CF Root y se lo quieres meter en el kernel pues tambien te servirá.
Seleccionas Everoot
Le das a flash firmware
De esta manera te conservará el Root y en teoría no debería de aparecerte el triangulo amarillo ni aumentar el contador de flasheos.
Salu2