La ruta depende de la ROM que tengas puesta, en Cyanogen creo que estaba en /system/media y el archivo se llama bootanimation.zip (no es más que un zip con una sucesión de png y un archivo de configuración, es fácil hacerte una propia)
Sustitúyelo con root explorer, y primero "mount r/w" o no te deja escribir en /system
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