A mi me ha ocurrido tres cuartos de lo mismo, pero es porque los pins del lector estaba rotos (un par de ellos).
Prueba a poner tres o cuatro tiras de celo en la parte trasera de la tarjeta recortando lo que sobre. Asi harás que se ajuste un poco mas la tarjeta. Te volverá a ocurrir aunque con muchísima menos frecuencia. Es mi experiencia, por probarlo no pierdes nada.