No tiene nada de raro que el s2p te reconozca la carátula y el touch flow no, uno de los inconveniente del Touch es que tienes que reiniciar la máquina para que cree su propio archivo de reconocimiento de carátulas (o como quieras llamarlo).
Hay mp3 que ya vienen asignados a una imagen/carátula y como muy bien dice Satyr tú mismo puedes hacerlo con un simple programita.
Saludos DIamanteros