No lo sé, he leído algunos casos de personas que han mandado terminales de distintas marcas por error o por no saber volver a desrootear y no les han cobrado la reparación. La mayoría de la gente como los que tenían el problema de auricular del Motorola Defy lo dejaban de fábrica antes de enviarlo.
El tema es que si quieren pueden decir que no te lo reparan por estar manipulado o que te cobran la reparación pero es algo bastante inusual. También puede depender de la avería. Si lo envías porque se ha brickeado o se ha fundido el procesador pueden asociarlo a una rom, si es porque se ha roto la tecla de encendido no pueden.