Bueno después de investigar y hacer algunas pruebas no se ha vuelto a repetir el problema.
La Actualización del Almacenamiento (desfragmentación) se ha hecho sin borrar nada.
Le quité al Limpiador los permisos de acceso a todos los archivos y no se ha repetido el problema. (Se los he vuelto a conceder, hace 10 días, y si me vuelve a pasar se los quito definitivamente).
Espero que esto le pueda servir a alguien si le pasa algo parecido.