Yo lo hago desde el Recovery o desde el propio móvil entrando en Ajustes / Administración General / Restablecer / Restablecer ajustes de fábrica, que borra todos los archivos, incluidos todos los archivos y las aplicaciones descargadas.
Lo que comentas se puede hacer con Odin, ¿no? Descargándote primero el firmware por ejemplo con el Frija. Metiendo el archivo "CSC" creo recordar te borra todo, porque si metes el "Home_CSC" creo que no borra ningún dato.
La última versión de Odin es la 3.14.4:
https://www.odinflash.com/download