En el flashtool, con el movil en modo flash, no puedes instalar archivos .img, o sea kernels. Solo se pueden instalar firmwares, archivos .ftf.
La unica manera de instalar kernels es en modo fastboot, tal y como has hecho.
En cuanto a mezclar roms y kernels, generalmente cada rom lleva su propio kernel excepto algunas excepciones como las basadas en la propia de Sony que o bien no hace falta kernel o bien te da mas libertad a la hora de poner el kernel que tu quieras, aunque no siempre X kernel funcionara con X rom. Lo mejor es hacer caso de lo que pone en el hilo de cada rom y poner el kernel recomendado o incluido.