Para empezar debes tener instalado el SDK en el pc y los driver para que te reconozca al Nexus. Este es el tutorial mas sencillo y mejor explicado que he visto ( y he usado).
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=139678
Pero de aqui SOLO debes hacer EL PRIMER PASO. Con esto ya tienes para ir empezando.
Despues te descargar el rom manager e instalas el recovery alternativo, al AR 2.2.1.
Una vez hayas echo esto, aqui tienes
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=283613 lee bien,despacio y las veces que haga falta asta que entiendas lo que vayas a hacer, no es dificil si se sabe lo que se hace. Yo lo he echo todo como te he puesto aqui y todo perfecto.
Saludos y suerte.